Résultat d'un accord secret conclu en novembre 2008 entre le président rwandais paul Kagame et le président congolais Joseph Kabila, les trois offensives militaires congolaises menées au Kivu ces deux dernières années n'ont pas réussi à pacifier cette région.Bien au contraire, les actes d'extrême violence se sont multipliés, notamment contre les femmes et les jeunes filles. C'est la principale conclusion d'un rapport de l'association International Crisis Group intitulé "Congo : pas de stabilité au Kivu malgré le rapprochement avec le Rwanda." Face au risque de crise politique majeure au Kivu en août 2008, alors que le CNDP de Laurent Nkunda avait défait les troupes régulières des FARDC et menaçait de prendre la ville du Kivu, un accord secret a été forgé en octobre-novembre 2008 entre Kagame et Kabila, pour mettre fin à cette crise, sous la pression de la communauté internationale. Mis au point principalement par Katumba Mwenke, le conseiller spécial à la présidence, et John Numbi, le chef de la police nationale, auxquels a été associé Eugene Serufuli, créateur du concept de "rwandophonie", qui tend à unir hutu et tutsi contre la prédominance de la communauté Nande au Nord Kivu, ce plan a eu pour première conséquence de destituer Laurent Nkunda, arrêté en janvier 2009, pour le remplacer, à la tête du CNDP, par Bosco Ntaganda, recherché par la justice internationale. A cette destitution a succédé trois opérations militaires de pacification du Kivu qui n'ont pas eu l'heur de désarmer les rébellions, congolaise et rwandaise, présentes dans la sous-région : « Umoja Wetu », « Kimia II » et « Amani Leo ». "Débutant le 20 janvier 2009, la première dure 35 jours et ne concerne que la partie méridionale du Nord Kivu. L’armée rwandaise progresse rapidement le long des routes dans les zones occupées par les FDLR tandis que l’intégration rapide et le déploiement des bataillons FARDC dans les villages libérés se fait difficilement.45 « Kimia II » débute en mars 2009. Cette opération est menée exclusivement par des unités FARDC soutenues par la MONUC, mais son champ d’action est étendu au Sud Kivu. Elle est marquée par l’augmentation dramatique des violations des droits de l’homme commises à la fois par les FDLR et par les militaires nationaux. « Amani Leo » commence au 1er janvier 2010 avec une politique plus stricte de conditionnalité du soutien apporté par la MONUC. A l’été 2010, 60 000 militaires FARDC et dix bataillons de casques bleus de la MONUC sont déployés au Nord et au Sud Kivu." A ces opérations au Kivu s'ajoute une opération conjointe avec l'armée ougandaise et les FARDC contre le groupe rebelle ADF : "avec Kampala mais sans planification avec la MONUC, Kinshasa intervient contre les Forces alliées démocratiques (ADF) qui sont installées depuis le milieu des années 1990 à la frontière de l’Ouganda et de la RDC, dans la zone du Rwenzori." Cette dernière opération n'a d'autre conséquence que d'affaiblir les FARDC et de renforcer les ADF. Ces déconfitures militaires vont de pair avec un enrichissement illégal des FARDC, grâce à l'occupation de carrés miniers et de détournement des soldes militaires. Les opérations militaires des FARDC ont pour conséquence une recrudescence des exactions des FDLR contre les populations civiles : "En 2009, le Fonds pour la population des Nations unies dénombre plus de 8 000 cas de violence sexuelle à l’Est du Congo qu’il attribue majoritairement aux FDLR et aux FARDC". Outre les FDLR, de nombreux groupes rebelles poursuivent leur combat contre Kinshasa et Kigali : il peut s'agir de groupes banyamulenge, tel les forces républicaines fédéralistes (FRF) de Michel Rukunda, alliées aux FDLR, ou encore de la branche Hunde de la Pareco de Janvier Karairi, sans compter d'anciens proches de Laurent Nkunda au sein du CNDP, comme le lieutenant colonel déserteur Emmanuel Nsengyumva.
S'ajoute a cela une mésentente croissante entre le CNDP et Kinshasa, le CNDP poursuivant sa mise en place d'une administration parallèle, collecteuse d'impôt, entre autres. Bref, les analystes de ICG concluent que "la méthode consistant à négocier, souvent en secret, un équilibre entre les intérêts particuliers des parties présentes autour de la table ne fonctionne pas." L'ONG recommande donc de "suspendre les opérations militaires offensives au Kivu en attendant le déploiement de bataillons formés par les Etats-Unis, la Chine, la Belgique, l’Afrique du Sud et l’Angola". Mais aussi d"organiser un sommet extraordinaire de la Communauté Economique des Pays des Grands Lacs (CEPGL) pour "entamer, sous la présidence de la Banque Africaine de Développement (BAD), des discussions politiques au niveau des chefs d’Etats sur les questions économiques, foncières et de mouvements de population, et ce dans l’objectif de créer une vision commune mutuellement bénéfique pour l’avenir de la région des Grands Lacs